Das Europäische Statistische System arbeitet in Gremien auf verschiedenen Ebenen zusammen: Auf der Arbeitsebene gibt es Task Forces, die den Arbeitsgruppen zuarbeiten. Herausgehoben sind die Arbeitsgruppen „Verbreitung“ und „Geheimhaltung“, da diese für das ESS besonders wichtig sind. Außerdem befinden sich auf dieser Ebene sog. ESSnets, ein Netzwerk aus Experten der Mitgliedstaaten zu bestimmten Sachthemen. Auf strategischer Ebene arbeitet das wichtigste Gremium, der ESS-Ausschuss (AESS), bestehend aus den Amtsleitern der Statistischen Ämter der EU. Auf dieser Ebene befindet sich auch die Konferenz der Leiter der Statistischen Ämter der Europäischen Union, die sog. DGINS, die einmal jährlich tagt und sich mit ausgewählten strategischen Themen befasst. Wichtige Beratungsergebnisse des AESS, vor allem zu statistischen Rechtsakten, werden an die politische Ebene weitergegeben, also die großen EU-Institutionen Kommission, Parlament und Rat. Daneben gibt es sog. „Governance-Gremien“, die von Rat und Parlament eingesetzt worden sind: das Nutzergremium ESAC und der ESGAB, der für die Umsetzung des Code of Practice eingesetzt worden ist.