Absolute Datenanonymisierung birgt den Nachteil, dass ein erheblicher Teil der statistischen Information verloren geht. Dagegen werden Mikrodaten als faktisch anonym bezeichnet, wenn die De-Anonymisierung zwar nicht gänzlich ausgeschlossen werden kann, die Angaben jedoch nur mit einem unverhältnismäßig hohen Aufwand an Zeit, Kosten und Arbeitskraft dem jeweiligen Merkmalsträger zugeordnet werden können (§ 16 Absatz 6 BStatG).
Faktisch anonymisierte Daten dürfen nach Maßgabe des Bundesstatistikgesetzes nur wissenschaftlichen Einrichtungen ausschließlich zur Durchführung wissenschaftlicher Vorhaben zugänglich gemacht werden. Denn das Hauptziel der faktischen Anonymisierung ist, durch behutsame Informationsreduktion und -veränderung die Zuordnungsmöglichkeiten von Merkmalsausprägungen zu den Merkmalsträgern zu verringern, dabei jedoch den statistischen Informationsgehalt zu schonen. Hierfür müssen für jede einzelne Erhebung der Aufwand und der Nutzen einer De-anonymisierung analysiert werden. Dabei können unterschiedliche Anonymisierungsverfahren angewendet werden.
Faktische Anonymität resultiert allerdings nicht allein aus dem realen Informationsgehalt der Daten, sondern auch aus den bestehenden Möglichkeiten zur De-Anonymisierung. Wann ein Mikrodatensatz als faktisch anonym bezeichnet werden kann, hängt daher insbesondere davon ab, unter welchen Bedingungen die Daten verarbeitet werden. So ist von entscheidender Bedeutung, welches Zusatzwissen vorliegt und wo die Datennutzung stattfindet. Abhängig davon, ob die Mikrodaten extern oder in den statistischen Ämtern genutzt werden, kann die faktische Anonymität mit mehr oder minder starken Informationseinbußen erreicht werden.